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“晓果仁”专栏 | Horticulturae:整合8种草莓基因组信息的数据库,请查收!
已有 1239 次阅读 2022-11-1 14:06 |个人分类:学术软文|系统分类:论文交流 引言 在过去几年的研究工作中,共计有8种草莓的基因组序列被相继测定并发布。然而,对于植物生物学家和草莓育种工作者而言,这些海量数据的再利用以及更大规模的比较分析具有极高的挑战性。 为了解决这一难题,海南大学陈飞教授联合南京农业大学程宗明教授及团队成员,收集并格式化了这8种草莓的基因组数据,构建了基于Linux、Apache、PHP和MySQL的草莓基因组数据库 (Genomic Database for Strawberries, GDS),涵盖了BLAST、JBrowse、共线性分析和基因检索等便捷工具。相关研究论文发表在 Horticulturae 期刊上。 草莓基因组数据库。 正文 草莓为蔷薇科 (Rosaceae) 草莓属 (Fragaria spp.) 植物,包括约25个种。森林草莓 (Fragaria vesca) 的基因组数据于2010年发布,是第一个被测定并发布的草莓基因组。自此,越来越多的草莓种基因组被测序并注释。2013年,研究者利用Illumina和罗氏454测序平台对栽培草莓 (Fragaria×ananassa) 基因组进行了测序,并运用Short-and Long-read方法进行重测序,获得了高质量的组装基因组。草莓基因组学研究不仅加深了我们对其起源进化的认识,更有利于育种工作的开展。鉴于草莓基因组学的最新进展,有必要建立一个在线免费的、整合草莓基因组数据的资源中心。 因此,该论文研究人员参考拟南芥、猕猴桃和核桃等数据库对以下8种草莓的基因组及相关数据进行了整合、挖掘、分析、聚类,构建了在线的草莓基因组数据库GDS (http://eplant.njau.edu.cn/strawberry): Fragaria×ananassa, Fragaria iinumae, Fragaria nilgerrensis, Fragaria nipponica, Fragaria nubicola, Fragaria orientalis, Fragaria vesca Fragaria viridis。 GDS提供了一个用户友好的网络界面,并集成了一系列实用的生物信息学工具,使研究人员能够搜索、浏览或检索特定的信息。目前,GDS包括了参考基因组序列、GFF、CDS、PEP文件包和表达谱数据等,并支持这些数据以及基因注释、miRNA等的下载。 GDS主要功能如下所述: BLAST:用户输入基因组序列、PEP或者CDS序列,选择物种名称后运行即可。 GDS中的JBrowse可用于草莓基因组详细情况的可视化分析。 GDS中的synteny search用于全基因组复制分析。 基因检索工具。 原文出自 Horticulturae 期刊 Zhou, Y.; Qiao, Y.; Ni, Z.; Du, J.; Xiong, J.; Cheng, Z.; Chen, F. GDS: A Genomic Database for Strawberries (Fragaria spp.). Horticulturae 2022, 8, 41. 撰稿人:殷学仁 专栏简介 “晓果仁”专栏由 Horticulturae 期刊编委殷学仁教授 (浙江大学) 主持。该专栏旨在对Horticulturae 期刊的典型论文进行点评与推荐,同时关注果树研究的最新进展。 专栏编辑 殷学仁 教授 浙江大学农业与生物技术学院 浙江大学农业与生物技术学院教授、博士生导师。曾先后承担国家自然科学基金 (优秀青年基金、面上项目、青年基金)、国家重点研发计划课题、公益性 (农业) 行业专项 (课题)、霍英东教育基金会青年教师基金、973计划 (子课题)、863计划 (子课题)、浙江省自然科学基金 (杰出青年基金)、教育部博士点基金等基金项目。 研究兴趣:果实发育与品质、果实采后生物学与技术、果树与环境响应、植物激素及其相互作用、分子生物学。 Horticulturae 期刊介绍 主编:Luigi De Bellis, University of Salento, Italy 期刊重点关注温带到热带园艺的所有领域以及相关学科,主题包括果树、蔬菜、花卉、苗圃和风景以及草药和香料作物等,研究涉及整个园艺供应链。 2021 Impact Factor:2.923 2021 CiteScore:1.8 Time to First Decision:15.9 Days Time to Publication:35 Days |
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